一. 什么是PCR芯片？为什么要使用PCR芯片？

1. PCR芯片V2.0简介

楚天生物表达谱PCR芯片V2.0有96孔和384孔两种规格，可以同时对几十到几百个与某一主题相关的基因、miRNA、lncRNA进行表达谱分析。产品采用SYBR实时荧光PCR方法。以96孔PCR芯片为例，基因专一性引物已分别固定在96孔PCR芯片中。您只需要将反转录反应产生的cDNA与PCR master mix混合，再将混合物分配到PCR板的96个孔位，进行实时荧光PCR反应，您就能轻松获得88个相关基因的表达情况。应用两块96孔PCR芯片分别对实验样品和参照样品进行分析，您就能对88个基因的表达进行相对定量。

Gene1	Gene2	Gene3	Gene4	Gene5	Gene6	Gene7	Gene8	Gene9	Gene10	Gene11	Gene12
Gene13	Gene14	Gene15	Gene16	Gene17	Gene18	Gene19	Gene20	Gene21	Gene22	Gene23	Gene24
Gene25	Gene26	Gene27	Gene28	Gene29	Gene30	Gene31	Gene32	Gene33	Gene34	Gene35	Gene36
Gene37	Gene38	Gene39	Gene40	Gene41	Gene42	Gene43	Gene44	Gene45	Gene46	Gene47	Gene48
Gene49	Gene50	Gene51	Gene52	Gene53	Gene54	Gene55	Gene56	Gene57	Gene58	Gene59	Gene60
Gene61	Gene62	Gene63	Gene64	Gene65	Gene66	Gene67	Gene68	Gene69	Gene70	Gene71	Gene72
Gene73	Gene74	Gene75	Gene76	Gene77	Gene78	Gene79	Gene80	Gene81	Gene82	Gene83	Gene84
Gene85	Gene86	Gene87	Gene88	HK1	HK2	HK3	HK4	HK5	RTC	GDC	PPC

图：PCR芯片格式。每一块96孔PCR芯片V2.0设有5个参比基因（看家基因）对照，以方便您选择在您的实验或生理条件下稳定表达的参比基因，用于基因表达相对定量。每一块PCR芯片还设有一个反转录对照（RTC），一个基因组DNA对照（GDC），一个PCR正对照（PPC）。RTC用于对样本RNA反转录质量进行质控，GDC用于检测纯化的RNA样品中可能存在的残余基因组DNA，PPC用于质控PCR反应。

PCR芯片1.0和2.0的区别

	PCR芯片1.0	PCR芯片2.0
主题更丰富	, mRNA表达谱	mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA表达谱
应用更广泛	基因表达定量	基因表达、miRNA分析、靶向测序文库构建等
布局更合理	88个目标基因，6个看家基因，1个PCR阳性对照，1个基因组对照	减少1个看家基因，加入了反转录质控（反转录质控性能验证数据见4.1 c）
程序更优化	罗氏480运行时间约2小时	罗氏480运行时间约1小时
数据分析更全面	仅提供基因表达差异倍数	提供数据质控、基因表达差异倍数、散点图等

2. PCR芯片的用途

l 对某一信息通道（如细胞凋亡信息通道）的相关基因进行表达谱分析。（案例1）

l 对某一疾病（如 II型糖尿病）的相关基因进行表达谱分析。（案例2，3）

l 对某一生物性状（如水稻品质）的相关基因进行表达谱分析。